阴极保护系统投入运行，阴极保护系统运行之前应该在临时阴极保护措施解除24小时以后安排工作人员测量整条被保护管道的自然电位、各处阳极地床的自然电位和接地电阻以及周围环境的土壤电阻率。在这些工作进行期间都要对整条管线周围的环境进行一次详细的了解，而且将这些了解到的环境信息都要就做到分类记录并整理做成档案已备施工过程中使用。
阴极保护站进入运行阶段的时候首先需要调试的是直流电源设备比如恒电位仪、蓄电池等提供电源设备。按照设备自身的使用规范调试，正确输送管道电流。当直流电源设备开始运行4个小时以上的时候就可以开始测量直流电源的输出电流、电压、通电点电位以及管道沿线的通电电位等数据。检测完成后查看所有的数据，如果出现有些管段处的保护电位比其他地方过于低的时候，需要及时的调整此处的通电点电位使整条管道线路的阴极保护电位都能达到保护电位为止。
