一般情况下，阴极保护系统在运行之前应该在临时阴极保护措施解除24小时以后安排工作人员测量整条被保护管道的自然电位、各处阳极地床的自然电位和接地电阻以及周围环境的土壤电阻率。在这些工作进行期间都要对整条管线周围的环境进行一次详细的了解，而且将这些了解到的环境信息都要就做到分类记录并整理做成档案已备施工过程中使用。

阴极保护站进入运行阶段的时候首先需要调试的是直流电源设备比如恒电位仪、蓄电池等提供电源设备。当直流电源设备开始运行4个小时以上的时候就可以开始测量直流电源的输出电流、电压、通电点电位以及管道沿线的通电电位等数据。检测完成后查看所有的数据，如果出现有些管段处的保护电位比其他地方过于低的时候，需要及时的调整此处的通电点电位使整条管道线路的阴极保护电位都能达到保护电位为止。

阴极保护系统运行后的电位控制和检测，保护电位的控制。在阴极保护系统调试运行阶段应该加强相邻保护站之间的联系，这样才能保证在调节各通电点的电位值时各个保护站中管段的保护电位均衡。阴极保护系统调试运行还包括测量瞬间断电电位，测量的时候需要使用复杂的工作来完成同时通断电源，所以应该在管道的汇流点处和两个相邻阴极保护站的中间位置安装极化探头，用来测量极化电位。

直到全部的管道的电位值都达到了 小阴极保护电位的指标阴极保护系统的运行监测才可以宣布操作结束。当全部的阴极保护工作站都投入正常的连续工作状态之后，在一个月的之内还要进行整条管道线路的近间距电位测量，用来确保管道的每一个点都能达到阴极保护规范的要求。并且在阴极保护系统正常运行之后的每五年都要进行近间距电位的测量工作，在这之间还应该多次进行测试桩管道通电电位、套管、绝缘接头的电位测试。